A legendária existência de um grande lago ou mar no centro da América do Sul foi aceita por vários séculos. No mapa feito por Hondius em 1559, o Pantanal é representado como um grande lago - Eupana Lacus - cercando um arquipélago. Na edição revisada do mapa de Hondius (1641) o lago ainda está representado, mas sem nome. Esse lago aparecia como nascente dos rios Paraguai, Amazonas e até do São Francisco (Hoechne, 1936). Essa denominação continuou sendo empregada mesmo após a descoberta de tratar-se não de um lago mas sim uma planície sujeita a enchentes sazonais. Somente a partir do século XX a região principiou a ser conhecida como Pantanal - termo também impróprio, já que este não é tampouco um pântano.

O nome “Mar dos Xaraés” foi mencionado pela primeira vez pelo conquistador espanhol Nuñes Cabeza de Vaca, fundador de Assunção no Paraguai, que em 1543 viajou rio acima até a Lagoa Gaiba. Lá ele deve ter ouvido falar desse "mar" pela tribo indígena dos Xaraés que habitavam a margem da enorme Lagoa Uberaba, mais ao norte. Cabeza de Vaca, que também criou a lenda das sete cidades douradas de Cibola no Texas, provavelmente não checava bem suas fontes. Em sua defesa pode-se admitir que um lago do tamanho da Uberaba, cuja superfície chega a atingir 400km2, podia ser facilmente confundido com um "mar interior".

Por dois séculos o Pantanal e áreas em torno continuaram sob o domínio de tribos como os Paiaguá, peritos canoeiros; Guaicuru, temidos cavaleiros que usavam cavalos roubados dos espanhóis; Guató, os primeiros a habitar as áreas alagadas, Bororo e outros. Esses povos indígenas continuaram sendo uma feroz ameaça aos colonos até o fim do século XIX, aliando-se a um dos dois lados dos brancos - bandeirantes ou espanhóis - até a Guerra do Paraguai (1864-1870).

A primeira presença branca na região foi em torno de 1593, com a fundação da missão espanhola de Santiago de Xerez, próxima ao Rio Mboetei - hoje chamado Miranda - no sul do Pantanal, e destruída por bandeirantes vindos da província de São Paulo, presentes no Mato Grosso desde 1622 (Holanda, 1986). No início do século XVIII, Pascoal Moreira Cabral descobriu ouro em Cuiabá. Em uma rápida sequência, a presente fronteira separando a América portuguesa da espanhola foi estabelecida e sustentada através de cidades-fortaleza. O garimpo aumentou a ocupação da região onde hoje se encontra a cidade de Poconé, fundada em 1781. Enquanto os aluviões iam se exaurindo, os colonizadores da região importaram diferentes raças de gado e principiaram a criação extensiva de gado, facilitada pelas pastagens naturais da região. Hoje, 99% do Pantanal divide-se em fazendas particulares, onde 8 milhões de cabeças chegaram a ser criadas simultaneamente, número limitado pela área de terra firme durante as cheias anuais.

No início dos anos 70, a ditadura militar construiu a Rodovia Transpantaneira, originalmente projetada para ligar Corumbá no Sul do Pantanal a Cuiabá no Norte, quando Mato Grosso e Mato Grosso do Sul eram um único estado. Quando este foi dividido em 1977, a capital do Sul tornou-se Campo Grande e a estrada inacabada de Corumbá para o norte foi abandonada. Nesse meio tempo, a estrada de Poconé até a divisa à margem do rio Cuiabá foi construída rapidamente nos primeiros anos da década de 70, sem ouvir as advertências dos pantaneiros: em lugar de seguir as rotas de cavalos e gado pelas terras mais altas, foi traçada uma linha quase reta de 147km de aterro dividindo o Pantanal Norte em duas metades, mudando o regime de distribuição de águas durante a chuva e alagando áreas antes firmes, afogando muitos milhares de reses e forçando diversos pequenos proprietários a vender barato suas terras. Desde então, a pecuária decaiu em importância econômica, criando iniciativas direcionadas ao ecoturismo, por vezes simultaneas aos rebanhos hoje em número reduzido.

• Área total: 230.000km2 (139.000km2 no Brasil; o restante se localiza na Bolívia e Paraguai, onde é chamado de Chaco)
• Principal formador: Rio Paraguai
• Temperatura: média 28ºC, máx. 40ºC
• Umidade relativa do ar: média 70%, máx. 80%.
• Pluviosidade: 1000 a 1400mm/ano
• Regime de cheias e secas: 6 meses de cada período por ano - seca de junho a novembro, cheia de dezembro a maio
• Elevação: de 150 (Norte) a 80 (Sul) metros do nível do mar
• Declividade: 2cm/km-Norte/Sul, 15cm/km-Leste/Oeste
• Localização: de 16° a 20° S e 58° a 50° W
• 99% do Pantanal divide-se em fazendas particulares.
• A criação de gado no Pantanal chegou a 8 milhões de cabeças de gado simultâneas.
• A Rodovia Transpantaneira é uma estrada de terra com 147km e 126 pontes. Tem início em Poconé e termina em Porto Jofre, à margem do rio Cuiabá, que desde 1977 divide os estados de Mato Grosso e Mato Grosso do Sul.
• Durante as chuvas os mosquitos atacam mais, tornando necessário o uso de repelente e manter as portas sempre fechadas. Já na seca eles aparecem em geral apenas ao amanhecer e pôr-do-sol.
• O mito de o Pantanal já ter sido mar evocou na década de trinta a idéia de que existiriam nele grandes reservas de petróleo. Investigações geológicas na área não demonstraram a existência de petróleo nem qualquer evidência de ingressões marinhas na região. As abundantes conchas encontradas são de água doce e as "lagoas salinas" apresentam na verdade águas bicarbonatadas, sem qualquer relação com água do mar.
• Há 60 milhões de anos o Pantanal foi uma região elevada, resultado de um arqueamento induzido pela formação dos Andes no extremo oeste da América do Sul. Essa área sofreu rupturas com rebaixamento de blocos dando origem à depressão pantaneira, posteriormente transformada em extensa planície pelo contínuo depósito de sedimentos.
• Suas águas têm origem principalmente nas terras altas, nas cabeceiras do rios onde as chuvas são mais intensas, especialmente ao Norte, nas nascentes do Rio Paraguai.
• Nas épocas chuvosas, as águas transbordam os leitos dos rios e a inundação desce lentamente rumo ao Sul, como uma gigantesca e vagarosa onda.